Wanneer beschermde soorten zijn aangetroffen die door de geplande ingreep negatief beïnvloed worden dient een goed onderbouwd mitigatieplan en compensatieplan gemaakt te worden.
Regelink Ecologie & Landschap maakt mitigatieplannen en compensatieplannen voor onder andere:
In een mitigatieplan wordt aangegeven hoe de werkzaamheden zo uitgevoerd kunnen worden dat effecten op beschermde flora en fauna verminderd danwel voorkomen worden. Een compensatieplan voorziet in compensatie op negatieve effecten die plaats vinden op beschermde flora en fauna.